O Agrupamento de escolas D. Afonso III foi criado por Despacho de 11/ 05/ 99 de Sua Excelência o Secretário de Estado da Administração Educativa, no cumprimento do Decreto-Lei 115-A/ 98, reunindo as seguintes escolas do concelho de Faro:
Jardim de Infância de Faro n.º 1,
Jardim de Infância da Conceição,
Escola E.B. 1 de Faro n.º 2,
Escola E.B. 1 da Conceição e
Escola E.B. 2, 3 D. Afonso III

No ano de 2007, o Agrupamento sofreu uma alteração em que saíram  do agrupamento o Jardim de Infância da Conceição e a Escola E.B. 1 da Conceição, tendo sido integrada a Escola Básica do 1º Ciclo de Alto Rodes.

Projeto Educativo do Agrupamento 2017/2021

Adenda ao Projeto Educativo do Agrupamento (16/01/2019)

Plano Anual de Atividades 2018/2019

Regulamento Interno do Agrupamento

Adenda ao Regulamento Interno (20/06/2018)

Adenda n.º 2 ao Regulamento Interno (16/01/2019)

Estratégia de Educação para a Cidadania

Relatório de Avaliação Externa das Escolas

Atualizado em 22-01-2019